Il Beaujolais Villages designa una denominazione intermedia che raggruppa circa 38 comuni situati principalmente nella parte settentrionale della regione, offrendo vini più strutturati rispetto al Beaujolais generico. I crus del Beaujolais, in numero di dieci, Moulin-à-Vent, Morgon, Fleurie, Chiroubles, Brouilly, Côte de Brouilly, Régnié, Chénas, Juliénas e Saint-Amour, rappresentano invece il vertice qualitativo della regione. Ogni cru possiede una propria identità geologica che conferisce ai suoi vini un carattere distintivo e una capacità di invecchiamento spesso nettamente superiore.