Le Sud Ouest se distingue par une palette de cépages autochtones que l'on ne trouve nulle part ailleurs en France. La région répertorie 300 variétés de cépages dont 120 cépages autochtones, comme la négrette, le duras, le mauzac ou encore le loin-de-l'œil, qui contribuent à la typicité incomparable des vins locaux. Côté rouges, le tannat règne à Madiran, tandis que le malbec (aussi appelé côt ou auxerrois) est le seigneur de Cahors. Pour les blancs, le gros manseng et le petit manseng apportent aux vins de Jurançon leurs célèbres arômes de fruits exotiques et de miel.