Le Jura se distingue par des cépages rares que l'on ne trouve quasiment nulle part ailleurs en France. Pour les vins blancs, le Savagnin règne en maître : c'est lui qui donne naissance au célèbre Vin Jaune. Le Chardonnay, ici appelé localement "Melon d'Arbois", produit des blancs d'une belle fraîcheur minérale. Côté rouge, le Poulsard (ou Ploussard) offre des vins légèrement colorés aux tanins soyeux, tandis que le Trousseau apporte structure et caractère fruité. Le Pinot Noir complète cette palette, avec des expressions souvent plus souples qu'en Bourgogne voisine.