Le domaine Jean François Ganevat produit entre 35 et 50 cuvées différentes selon les millésimes, ce qui en fait l'un des domaines les plus prolifiques en termes de diversité de sélections parcellaires au Jura. Chaque cuvée correspond à une parcelle précise, selon la philosophie du vigneron : un sol, un cépage, une cuvée. Parmi les plus emblématiques, on trouve les Grandes Teppes Vieilles Vignes, les Chalasses Marnes Bleues en blanc, ou encore les Vignes de Mon Père. Jean François Ganevat produit également des vins de négoce avec sa sœur Anne, sous l'étiquette Anne et Jean-François Ganevat, portant la production globale à environ 40 000 bouteilles par an.