Le Merlot constitue la colonne vertébrale des vins de Clos Fourtet, représentant la grande majorité de l'encépagement du domaine. Il est complété par le Cabernet Franc et, dans une moindre mesure, par le Cabernet Sauvignon. Cette dominance du Merlot sur sols calcaires confère aux vins du domaine leur signature aromatique caractéristique : une texture veloutée, des tanins soyeux et une profondeur fruitée qui s'exprime pleinement avec quelques années de garde.