L'histoire du domaine François Cotat est intimement liée à celle de la famille Cotat, qui cultive la vigne à Chavignol depuis la fin de la Seconde Guerre mondiale. Dès les années 1940, les frères Francis et Paul Cotat posent les fondations du domaine. François hérite du domaine en 1998 et décide de rester dans la continuité des méthodes traditionnelles. Son cousin Pascal Cotat dirige quant à lui un domaine distinct basé à Sancerre, perpétuant ainsi l'héritage familial sous deux enseignes séparées.